Die Bürgerstiftung Bonn führt unter ihrem Dach drei treuhänderische bzw. unselbständige Stiftungen: die Lianne Franzky-Beckmann-Stiftung, die Theodor und Agnes Rohl-Stifung und die Brocke Dombrowski-Stiftung.

Die treuhänderische Stiftung ist - im Gegensatz zum Stiftungsfonds - eine eigenständige Stiftung. Sie kann ab einer Höhe von 100.000 Euro unter dem Dach der Bürgerstiftung errichtet werden. Die Bürgerstiftung übernimmt als Teuhänderin die Geschäftsführung der Stiftung und vertritt sie im Rechts- und Geschäftsverkehr nach außen. Die treuhänderische Stiftung kann über einen eigenen Vorstand verfügen, der unmittelbar über die Verwendung der Stiftungserträge entscheidet und den Treuhänder kontrolliert. Der Stifter kann dem Vorstand angehören. Wegen der Neugründung einer Stiftung ist es möglich, einmalig den Gründungshöchstbetrag von 307.000 Euro steuermindernd geltend zu machen.