Die Bürgerstiftung Bonn hat unter ihrem Dach die Stiftungsfonds "Stiftung für Physik und Astronomie in Bonn" den ´Pfefferkorn Hilfsfonds` und die "Douglas Swan Stiftung" eingerichtet.

Der Stiftungsfonds bietet die Möglichkeit, eine Zustiftung für ganz konkrete Zwecke zu leisten. Das Vermögen des Stiftungsfonds fließt als Zustiftung in das Stiftungsvermögen der Bürgerstiftung, die Erträge kommen jedoch nur einem bestimmten Stiftungszweck (Projekt, Maßnahme o.ä.) zugute. Der Stiftungsfonds hat keinen eigenen Vorstand. Über die konkrete Verwendung der Fondserträge entscheidet der Vorstand der Bürgerstiftung - evtl. auf Empfehlung eines Beirates, der für den Stiftungsfonds eingerichtet werden kann. Die Bürgerstiftung übernimmt die komplette Verwaltung des Stiftungsfonds